นายกษิตได้รับตำแหน่ง รมว.กระทรวงการต่างประเทศในรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ แต่การที่นายกษิตเคยร่วมปราศรัยบนเวทีพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ที่บุกยึดทำเนียบรัฐบาล ท่าอากาศยานดอนเมือง และท่าอากาศยานนานาชาติสุวรรณภูมิ ในช่วงรัฐบาลพรรคพลังประชาชน ทำให้ไม่เป็นที่ยอมรับของ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ ซึ่งได้กล่าวหาว่านายกษิตเป็นรัฐมนตรีจากโควตาของกลุ่มพันธมิตรฯ และพยายามขับไล่ให้พ้นจากตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ[13] และต่อมาเมื่อ วันที่ 1 กรกฎาคม 2552 ได้ถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจ สภ.ราชาเทวะ ออกหมายเรียกในคดีระหว่างบริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) กับ นายกษิต ภิรมย์ ซึ่งเป็นหนึ่งในแกนนำกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย และพวก รวมทั้งสิ้น 25 คน ที่บุกรุกสนามบินสุวรรณภูมิ โดยตั้งข้อหา ร่วมกันกระทำให้ปรากฏแก่ประชาชนด้วยวาจา หนังสือ หรือวิธีอื่นใด อันมิใช่เป็นการกระทำภายในความมุ่งหมายแห่งรัฐธรรมนูญฯ มั่วสุมกันตั้งแต่สิบคนขึ้นไป ใช้กำลังประทุษร้าย ขู่เข็ญว่าจะใช้กำลังประทุษร้าย หรือกระทำการอย่างหนึ่งอย่างใดให้เกิดการวุ่นวายขึ้นในบ้านเมืองฯ , เมื่อเจ้าพนักงานสั่งให้เลิกการมั่วสุมแล้วไม่เลิก, ก่อการร้าย, บุกรุก, ทำให้เสียทรัพย์ ซึ่งเหตุเกิดระหว่างวันที่ 25 พฤศจิกายน 2551 ถึงวันที่ 3 ธันวาคม 2551 จึงเป็นการฝ่าฝืนข้อกำหนดออกตามมาตรา 9 แห่ง พ.ร.ก.การบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 ฉบับที่ 1 ลงวันที่ 29 พฤศจิกายน 2551 และฉบับที่ 2 ลงวันที่ 1 ธันวาคม 2551

ข้อกล่าวหาในช่วงที่ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงต่างประเทศ

• เคยขึ้นเวทีปราศัยในระหว่างการชุมนุมประท้วงของกลุ่มพันธมิตรฯ ทั้งที่ทำเนียบรัฐบาล และท่าอากาศยานนานาชาติสุวรรณภูมิ และกล่าวชื่นชมการยึดสนามบินในครั้งนั้นว่าเป็น "นวัตกรรมใหม่ของการประท้วง" [14]
• กล่าวเชิญชวนนักการทูตระดับสูง และนักหนังสือพิมพ์ต่างชาติให้ไปร่วมชมการชุมนุมประท้วง และกล่าวถึงการยึดท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ที่ทำให้นักท่องเที่ยวตกค้างในประเทศกว่าสามแสนห้าหมื่นคนว่า "สนุกมาก ดนตรีเพราะ อาหารอร่อย" [15]
• กล่าวหาสมเด็จฮุนเซน นายกรัฐมนตรีกัมพูชาว่า "บ้าๆบอๆ" "เป็นกุ๊ย" "จิตใจชั่วร้าย" และ "เป็นขี้ข้า" ของอดีตนายกรัฐมนตรี พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร [16]

ข้อกล่าวหาเพิ่มเติมจากการอภิปรายไม่ไว้วางใจเมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ. 2552[17]

• วางตัวไม่เหมาะสมกับตำแหน่งเอกอัครราชทูตไทยในต่างประเทศ และเคยทะเลาะชกตีกับนักเรียนไทยในช่วงระหว่างที่ดำรงตำแหน่งที่ประเทศรัสเชีย
• มีความเห็นขัดแย้งทางด้านนโยบายกับรัฐบาลที่นายกษิตสังกัดอยู่ในเรื่องนโยบายประชานิยม
• เรียกร้องขอเปียโนจากนักธุรกิจ โดยอ้างว่าจะนำไปมอบให้ผู้ใหญ่ท่านหนึ่ง แต่ท้ายสุดแล้วเปียโนหลังนั้นกลับอยู่ที่บ้านของนายกษิตเอง ต่อมา วันที่ 31 มีนาคม 2552 นายกษิตได้ชี้แจงเรื่องเปียโนว่าเป็นการซื้อเปียโนมือสองมาในราคาแสนกว่าบาท และยังตั้งอยู่ที่บ้าน ไม่ได้เป็นการให้ฟรีแต่ประการใด[18][19]
• ขอตั๋วเครื่องบินจากบริษัทการบินไทยจำนวน 50 ที่นั่ง เพื่อแจกจ่ายให้ญาติพี่น้องในระหว่างดำรงตำแหน่งเอกอัครราชทูตไทยประจำประเทศญี่ปุ่น

ซึ่งข้อกล่าวหาเหล่านี้ทั้งหมดเป็นการกล่าวเท็จ โดยในเรื่องการชกต่อยกับนักเรียนไทยที่รัสเซีย เป็นการใส่ร้ายของคอลัมนิสต์หนังสือพิมพ์ชื่อดัง ซึ่งขณะที่เรียนที่รัสเซียได้ข่มเหงสตรีและกระทำสิ่งไม่เหมาะสมหลายประการ จึงถูกนายกษิตตำหนิ สำหรับเรื่องตั๋วเครื่องบินเป็นการสนับสนุนการจัดกิจกรรมของสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงโตเกียว อาทิ การจัดงานเทศกาลอาหารไทย การจัดงานส่งเสริมประเทศไทยต่างๆ